Jurnalisme investigasi didasarkan pada pemahaman tentang bagaimana sebuah sistem bekerja atau seharusnya bekerja — mungkin begitu juga cara Anda selama ini menemukan bahan tulisan dan merencanakan investigasi. Untuk mendapatkan jawaban, batasi pertanyaan-pertanyaanmu dengan cara berikut: Bagaimana proses atau sistem ini seharusnya bekerja? Siapa berkewajiban melakukan apa, kapan dan bagaimana? Bagaimana proses tersebut didokumentasikan atau direkam? Standar atau patokan apa yang diterapkan, bagaimana hal itu terbentuk dan siapa yang melakukannya? Semakin detail dan komprehensif jawaban-jawabannya, semakin baik pula Anda dapat menilai di mana dan kapan kesalahan mungkin terjadi.

Hal lain, penting untukterus memantau kronologi persoalan yang diinvestigasi. Bukan berarti Anda harus merangkai tulisanmu secara kronologis, tapi ‘meletakkan’ fakta-fakta yang ditemukan dalam rentetan peristiwa yang berkaitan dengan masalah yang diinvestigasi. Ini akan membantumu menyusun gambaran yang jelas tentang hal apa saja yang terjadi lebih dahulu, kemudian, dan yang terjadi bersamaan.

Anda juga perlu membedakan antara pengetahuan kuantitatif dengan kualitatif.Kuantitatif adalah mengenai penempatan angka di atas peta. Misalnya, berapa kali pemeriksaan kualitas obat tertentu perlu dilakukan? Berapa angka tingkat polusi di lautan? Bagaimana tren kriminalitas perkotaan lima tahun terakhir? Sering kali, angka-angka inilah yang membuat sebuah berita kecil lokal menjadi bahan investigasi besar berskala nasional, dengan menyajikan bukti konkret, seperti jumlah anak putus sekolah di lingkunganmu yang mungkin terjadi juga di penjuru negeri yang lain.

Kebalikannya, pemetaan kualitatif adalah mengenai masyarakat, peristiwa, alasan, motivasi, perasaan, dan argumentasi. Ada banyak tempat di dunia ini, di mana hampir tidak mungkin mendapatkan bukti kuantitatif atau bukti tertulis karena memang tidak ada. Meski demikian, terdapat dua cara lain untuk menginvestigasi masalah di lingkungan yang miskin budaya dokumentasi: menggunakan kemampuan observasimu dan wawancara terstruktur dengan orang-orang terkait. Begitulah cara membangun basis datamu sendiri. Ingatlah bahwa memulai investigasi dari akar masalah dapat menuntun Anda ke seseorang atau sekumpulan orang, namun menyusun basis data bisa sebaliknya: sepetak tanah atau nama jalan dapat membawamu ke si pemilik.

Untuk menyusun dan mengatur informasi hasil riset, tersedia banyak aplikasi manajemen proyekatau project management. Program tersebut memungkinkan Anda membuat basis data yang terdiri dari daftar narasumber, kontak orang-orang penting, para informan dan area keahlian mereka. Sebaiknya basis data juga berisi daftar pertanyaan, lembaran fakta untuk membantu Anda mencatat temuan dan asumsi-asumsi yang masih harus dibuktikan, termasuk tautan ke dokumenterkait, fakta, statistik, bank data, catatan rapat, dan wawancara. Evernote sangat populer di kalangan jurnalis namun tidak cukup aman untuk menyimpan informasi rahasia. Pertimbangkan juga sisi keamanan ketika memilih aplikasi manajemen proyek.