調查報導根基於，理解制度如何運作或是應該如何運作——這可能就是你目前找出報導和計劃調查的方式。為了獲得答案，用以下方式來提出你的問題：此流程或制度應該如何運作？誰應該在什麼時候、用什麼方式做什麼？過程是怎麼寫進檔案、記錄下來的？哪些標準或是基準將上路？這些標準或基準又是如何建立起來、由誰執行？這些問題的答案愈細緻全面，你就愈能判斷到底哪裡、何時出了問題。

此外，掌握調查的先後順序也很重要。這不代表要依照時間順序來敘述報導，而是指要能把你發現的證據，根據事件發生的時間順序「釘」上去。這會幫你清楚了解事情的先後順序，以及哪些事同時發生。

你也需區分質化和量化知識。量化是把數字放到資料地圖上，舉例來說，某藥物需要經過多少次品質檢測？水體的汙染程度是？近五年城市犯罪趨勢如何變化？能把小型地方報導轉化為全國性調查的，往往是數字，譬如你社區的輟學數字可能跟全國的數字相互呼應。

相反的，製作質化資料地圖（qualitative mapping），則是關於人、事件、原因、動機、感受和論點。世界上有不少地方很難取得質化或是書寫的紀錄，因為根本沒有資料，但在資料如此貧乏的環境下，為了調查議題，還是有兩條路可走：透過你自己的觀察，以及有系統地採訪相關人士。這就是打造自己的資料庫的方式。記得，從一個議題起步，常會帶你找到一個或一群人，但資料庫特徵分析工作，也可以帶你從另一頭走：一塊土地或是一個街道的地址，可以帶你找到所有者。

電子專案管理工具，可以協助你建立受訪者、專家人脈、線人和其專業領域的資料庫，並把研究資訊組織起來。資料庫也應該要包含問題和事實清單目錄，來幫你建立起事實和待驗證的假設，還要有相關文件、事實、數據、資料庫、會議紀錄和訪談紀錄等超連結。Evernote 很受記者歡迎，但就儲存機密資訊而言還不夠安全。在選擇管理工具的時候，總是要想到安全問題。